Сюжет начинается с того момента, когда Наруто и его друзья попадают в Академию. На данный момент Хокаге деревни - Хирузен Сарутоби, который уже много навидался в этом мире. Кроме Конохи, активно развивается Суна и Ото, которые в свою очередь готовят команды для экзамена на Чунина.